“十三五”发展规划纲要对我国海洋生态环境保护提出了新要求。目前我国沿海地区发展不平衡，海洋空间开发粗放低效，海洋资源约束趋紧，海洋生态环境恶化的趋势尚未得到根本扭转。在国内经济社会发展结构性矛盾更加突显、经济下行压力增大的背景下，以保护海洋生态环境为抓手，加强体系建设和制度创新，推进海洋生态文明建设，对海洋治理现代化和海洋强国建设都具有重要意义。
海洋是我国经济社会发展的基础，近海及海岸带的海洋生态系统为国民的生产和生活提供了多种重要资源。沿海地区以13%的国土面积，承载了40%以上的人口，创造了约60%的国民生产总值，实现了90%以上的进出口贸易。在陆地资源日益枯竭的情况下，海洋是支撑中国经济社会可持续发展的必然选择。因此，加强海洋生态环境保护，牢固树立绿色发展理念，维护海洋对我国可持续发展的支撑，对我国海洋事业的发展十分重要。必须把海陆统筹作为海洋生态环境保护的指导思想，将其纳入国家中长期发展规划。整合近岸海域陆域各类功能区，以海洋主体功能区规划为基础统筹各类涉海空间规划，推进“多规合一”。实施主要入海河流的陆域海域综合管理行动计划，实现从陆地到海洋的整理规划和统一布局，落实一体化管理。尊重海洋自然规律，在对海洋科学认知的基础上，全面深入实施基于生态系统的海洋综合管理，统筹海洋开发与保护。
完善海洋生态环境保护制度，逐步构建系统完备的海洋生态文明建设的制度体系，建设美丽海洋，是时代赋予全面建成小康社会和建设海洋强国的新内涵和新任务。目前我国仍处于可以有作为的重要战略机遇期，同时面临诸多矛盾叠加、风险隐患增多的严峻挑战。必须将海洋环境保护向污染控制和生态安全转变，近海空间利用向注重生态功能转变。建立健全重点海域污染物排海总量控制制度，制订重点海域污染物排海总量控制指标和主要污染物排海控制计划，落实各项海洋环境污染防治措施，使陆源污染物排海管理实现制度化、目标化、定量化。严格近岸海域和陆域开发建设项目的审批，建立健全规划环评与项目环评的联动机制，推进规划环评早期介入和全过程参与。坚持集约节约用海，控制围填海计划，把自然海岸划定为生态红线，编制海岸线保护与利用规划，推动海岸线管理立法。推进海洋生态建设和整治修复，重点实施“蓝色海湾”整治工程、“南红北柳”生态工程和“生态岛礁”修复工程，构建海洋生态廊道和海洋生物多样性保护网络。加强海洋环境突发事件应急管理，识别海洋生态环境安全风险，编制危化学品应急预案，建立赤潮（绿潮）联防联控机制，加强对海洋环境灾害的有效应对和处理，使安全风险管理业务化、制度化。在国家管辖范围以外区域履行海洋生态环境保护责任，积极展示负责任大国的国际形象，加紧制定《深海海底区域资源勘探开发法》的实施细则和配套措施，推进南极地区环境保护立法。
保护海洋生态环境，建设海洋生态文明，是国家长远发展战略。加强海洋生态环境保护执法，以“海+渔”为切入点，推进地方近岸海域综合统一执法。推进海洋环境保护的海洋督察，推进陆域海域一体化联动督察机制。发展“绿色”海洋工程技术装备，开展海洋资源开发的环境保护技术研究，推动海洋科技在海洋资源开发、环境保护领域的支撑作用。平衡海洋资源开发与生态环境保护，坚持可持续发展、海陆统筹的基本原则，形成人与海洋和谐发展的现代化建设新格局，推进海洋生态文明建设和海洋强国建设，为我国全面建成小康社会做出更大贡献。